2016年4月至6月，根据国家海洋局部署，南海环境监测中心调查队开展了南海珊瑚礁调查任务。历时42天，对南海重点海域一百多个站位、几百条断面的珊瑚礁情况进行了密集的调查，取得了大量珍贵的第一手资料，先后完成了5TB大小影像资料的摄像和分析判读，编制专题成果报告30万字，填补了我国在该海域海洋调查的多项空白。这是我国迄今为止组织的规模最大、站位最密集、内容最全面的珊瑚礁生态调查，初步掌握了南海珊瑚礁生态系统状况，为相关海域珊瑚礁生态系统保护管理奠定了基础，并用扎实的数据及时而有力地回应了国际社会的关注——调查发现南海珊瑚礁的退化是有限和可控的，与全球珊瑚礁退化趋势一致，退化的原因以自然因素为主，人为因素主要是渔业捕捞和采挖。从2017年起，南海珊瑚礁调查转为业务化监测继续进行。
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