Ø 红树林
南海环境监测中心具备开展红树林生态系统调查监测的能力，可开展红树林的面积和分布，红树植物种类、密度、株高、胸径、群落层数和盖度，红树林沉积物质量、底栖生物、海洋垃圾等项目。
Ø 盐沼
南海环境监测中心具备开展盐沼生态系统调查监测的能力，可监测项目有盐沼面积与分布，盐沼植物种类、密度、盖度、平均株高、生长期，盐沼大型底栖生物，盐沼底质环境、水体环境、高程等。
Ø 海草床
南海环境监测中心具备开展海草床生态系统调查监测的能力，可开展的监测项目有海草床面积与分布，海草种类、盖度、茎枝密度、茎枝高度、生物量、有性繁殖情况，海草床大型藻类、底栖生物，海草床底质环境、水环境、高程等。
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