南海环境监测中心自20世纪80年代起，每年承担南海区由近岸到深远海的海洋生物多样性调查和监测业务，在珠江口和大亚湾连续开展海洋生物多样性监测业务超过17年。经过多年发展，南海环境监测中心在浮游植物、浮游动物、鱼卵仔鱼、底栖生物、珊瑚礁生态等多个方向均取得了一定的研究成果。南海环境监测中心海洋生物鉴定能力在南海区首屈一指。
中心有相关大型仪器包括扫描电子显微镜、研究级显微镜、荧光显微镜、倒置显微镜、流式细胞仪、浮游生物连续采样网和分子生物学研究相关仪器设备等，价值超过800万；拥有先进的生物毒性检测实验室和样品冷冻库；实验室配有海洋系统先进的实验室除甲醛通风系统；满足海洋生物生态调查和监测业务及各种科研需求。
南海环境监测中心有相关海洋生物生态研究课题和基金项目20余个，包括5项国家自然科学基金，1项广东省自然科学基金项目，其中2项国家自然科学基金面上项目是中心乃至分局首次以第一主持单位获得的。在SCI国际刊物和国内一级学报发表论文10余篇，参与发表专著2本，核心刊物论文20余篇。此外，科室技术人员作为主要技术骨干参与的珊瑚调查项目获评2017年全国海洋科学技术一等奖。
基金课题：
1 国家自然科学基金面上项目《中国海环节动物门多毛纲毛鳃虫科和笔帽虫科的分类学研究》（主持人：张敬怀）
2 国家自然科学基金面上项目《亚热带海湾造礁石珊瑚群落分布区及邻近水域底栖多毛类生物多样性及对环境变化的响应》（主持人：张敬怀）
3 国家自然科学青年基金《西沙群岛海域冈比亚藻种群机构及产毒特征研究》（主持人：吕意华）
4 国家自然科学青年基金《中国海笔帽螺科（Creseidae）的分类学和动物地理学研究》（主持人：李海涛）
5 国家自然科学青年科技基金《亚热带海湾大型底栖生物多样性及环境状况指示效应研究》（主持人：张敬怀）
6 广东省自然科学基金《珠江口多环芳烃降解菌的生态分布及其生物净化作用研究》（主持人：吴鹏）
7 海洋赤潮灾害立体监测技术与应用国家海洋局重点开放实验室开放研究基金《塔玛亚历山大藻赤潮生消过程中关键菌群及抑藻菌制剂的研究》（主持人：吕意华）
8 南海维权重点实验室基金《三沙珊瑚礁生态保护区区域选划及长期监测方案研究》（主持人：时小军）
发明专利：
美国专利：molecular identification method for single dinoflagellate cyst，专利号US010422011B2，董燕红，战爱斌等
实用新型专利：一种便携式珊瑚礁分布调查系统，证书号ZL 201921197727.8，吕意华。
发明专利：一种浮游植物标本包埋剂及其应用，证书号ZL 201611113040.2，杨振雄、李扬、董燕红、方宏达、娄全胜、易斌、吕意华、杨熙、韦桂秋。
专著：
南沙群岛珊瑚图鉴，中国海洋大学出版社，方宏达，时小军。
南沙群岛珊瑚礁鱼类图鉴，中国海洋大学出版社，方宏达，吕向立。
主要发表论文：
1 Wu P, Xiong X, Xu Z, et al. Bacteria communities in the Rhizospheres of three mangrove tree species from Beilun estuary, China. Plos one, 2016, 11(10):e0164082.
2 Zhang J and Qiu J. A new species of Pectinaria (Annelida, Pactinariidae), with a key to pectinariids from the South China Sea. Zookeys, 2017, 683:139-150.
3 Zhang J, et al. Description of a new species of Eulepethus(Annelida, Eulepethidae) from the northern south China Sea, and comments on the phylogeny of the family. Zootaxa, 2017, 4226(4):581-593.
4 李海涛, 何薇, 周鹏, 等. 伶鼬榧螺（Olivamustelina）的分子鉴定及其形态变异. 海洋学报, 2015, 37(4):117-123.
5 李海涛, 张保学, 高阳, 等. DNA条形码技术在海洋贝类鉴定中的实践-以大亚湾生态监控区为例. 生物多样性, 2015, 23(3):299-305.
6 Yihua Lyu, Mindy L.Richlena, Taylor R.Sehein. et al. LSU rDNA based RFLP assays for the routine identification of Gambierdiscus species. Harmful Algae, 2017, 66:20-28.
7 Yi-Hua Lyu, Yue-Xia Zhou ,Yi Li, et al. Optimizing algicidal activity of Pseudoaleromonas sp. SP48 on harmful algal blooms caused by Alexandrium tamarense. Open Microbiology, In press.
辐杆藻属（拍摄：杨熙） 蜡台角藻（拍摄：杨熙）
小齿海樽（拍摄：李秀芹） 异体住囊虫（拍摄：李秀芹）
项带鲾（拍摄：何薇） 颈带鰏（拍摄：郑琰晶）
秉氏厚蟹（拍摄：吕向立） 火红皱蟹（拍摄：吕向立）
浮游生物鉴定室
扫描电镜
流式细胞仪
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