2016年6月8日，国家海洋局南海环境监测中心、国家海洋局南海标准计量中心、广州市第六中学、广州市黄埔军校纪念中学联合举办了以“关注海洋健康，守护蔚蓝星球”为主题的科普系列活动，旨在增强学生的海洋国土和生态环境保护意识，促进人...

2020年7月底，国家海洋局南海环境监测中心南海生物标本馆正式布设完成。该标本馆从2016年决定建设，经过多方调研论证后自2019年2月开工建设，2019年5月工程完工，在经过近一年的标本采集、制备和整理后，于2020年7月底基本布设完成。

2019年，中心分别组织多名技术人员于4月16日到广州市客村小学，10月31日到广州市第二中学，开展珊瑚礁主题科普教育，向中小学生宣传珊瑚礁的生态意义和重要性，号召大家一起爱护珊瑚礁生态系统。

除了进行海洋科学研究以外，国家海洋局南海环境监测中心还积极开展科普活动，向民众宣传海洋知识，号召大家一起来关心海洋、了解海洋、保护海洋。